彼得帕克（湯姆荷蘭飾）因導師東尼史塔克去世而陷入迷惘及悲傷，與好友參加學校安排為期兩週的歐洲夏季考察之旅之際，遇上神盾局局長尼克福瑞（山謬傑克森飾）與「神秘法師」（傑克葛倫霍飾）後，被迫捲入調查幾宗橫跨城市，原本美好的旅遊計畫在一夕間全都變了樣⋯⋯

H 探員（克里斯漢斯沃飾）與 M 探員（泰莎湯普森飾）在看似平常捍衛地球免於外星人威脅的任務中，竟意外發現有敵人的魔爪已滲入 MIB 總部，引起前所未見的巨大危機。這次為了維護 MIB 的使命，兩位探員將潛入世界各地，聯手突破重重挑戰才能解開真相、拯救一切回歸秩序！